質(zhì)粒是細(xì)胞內(nèi)的一種環(huán)狀的小分子DNA,是DNA重組的常用載體,在DNA重組中,質(zhì)?;蚪?jīng)過改造后的質(zhì)粒載體可通過連接外源基因構(gòu)成重組體。在質(zhì)粒提取過程中,多數(shù)質(zhì)粒粗提取物中含有三種構(gòu)型的質(zhì)粒:共價(jià)閉合環(huán)DNA(cccDNA)、質(zhì)粒的兩條鏈沒有斷裂、超螺旋開環(huán)DNA(ocDNA)、質(zhì)粒的一條鏈斷裂、松弛的環(huán)狀分子線形DNA(lDNA):質(zhì)粒的兩條鏈均斷裂;線性分子質(zhì)粒DNA的分子構(gòu)型。
質(zhì)粒小量提取的方法
1.將3~5ml菌液13,000rpm離心30秒收集沉淀(菌體)。 如果用1.5ml或2ml離心管則需反復(fù)離心2~3次。
2.倒掉上清,將沉淀(菌體)*懸浮于100μl懸 浮液(溶液I)中。上清要盡可能去除干凈,可用濾紙吸干。沉淀要 用混旋器*懸浮,否則將直接導(dǎo)致下一步的裂 解不*,進(jìn)而影響質(zhì)粒DNA的產(chǎn)量和純度。
3.加入150μl裂解液(溶液II),輕柔地顛倒混勻10 次左右,溶液逐漸變得粘稠、清亮。不可用混旋器劇烈振蕩,否則會(huì)使質(zhì)粒DNA斷裂; 裂解時(shí)間不宜超過5分鐘,否則會(huì)造成染色體DNA 的污染及質(zhì)粒DNA的產(chǎn)率降低。
4.加入150μl中和液(溶液III),輕柔地顛倒混勻10 次左右。 此時(shí)可見到白色絮狀的染色體DNA及細(xì)菌碎片。
5.13,000rpm離心8~10分鐘,將上清液小心轉(zhuǎn)入一 37個(gè)新的1.5ml離心管中,加入0.4ml純化樹脂(使 用前充分混勻),顛倒混勻3分鐘。此步是通過離心去除染色體DNA及細(xì)菌碎片,并使處于高鹽狀態(tài)下的質(zhì)粒DNA與純化樹脂結(jié)合。
6.將純化樹脂及上清液的混合物吸入離心純化柱中,13.000rpm離心30秒,倒掉收集管中的廢液。
7.將離心純化柱重新套入廢液收集管中,加入600μl 80%異丙醇(或80%乙醇),13.000rpm離心1分 鐘,倒掉收集管中的廢液。 如果離心純化柱底部殘留有異丙醇(或乙醇),可 用濾紙吸干,否則將影響以后的酶促反應(yīng)。此步 是洗滌質(zhì)粒DNA中混有的雜質(zhì)及鹽類。
8.重復(fù)第7步1~2次,盡可能將雜質(zhì)去除。
9. 取出離心純化柱,將其套入一個(gè)干凈的1.5ml離 心管,開蓋放置2~3分鐘,將殘留的異丙醇(或乙 醇)揮發(fā)干凈。加入50μl TE緩沖液(若用于測(cè)序, 則加50μl超純水)于純化樹脂上,不能粘在管壁 上。室溫下放置3分鐘后,13,000rpm離心1分鐘。 此步是將純化樹脂上的DNA洗脫下來。如果對(duì)質(zhì)粒DNA的需求量較大,則重復(fù)此步驟1~2次,這 樣可以獲得高產(chǎn)量的質(zhì)粒DNA。TE緩沖液或無菌 超純水的用量視用戶對(duì)濃度的要求而定。離心純化柱放入離心管中,若蓋不上蓋子,亦沒有關(guān)系,可開蓋離心。
10.離心管中收集的液體即是洗脫下來的質(zhì)粒 DNA,取1~2μl電泳(0.8%瓊脂糖,120V,15~ 20分鐘)檢測(cè)其純度并目測(cè)定量。 若發(fā)現(xiàn)有RNA 污染,可加入0.5μl RNase A (10mg/ml),37℃保溫30分鐘。此操作不影響其 后續(xù)實(shí)驗(yàn)。
質(zhì)粒小量提取注意事項(xiàng)
1、使用前請(qǐng)先檢查溶液Ⅱ和溶液Ⅲ是否出現(xiàn)混濁,如有混濁現(xiàn)象,可在37℃水浴中加熱幾分鐘,待溶液恢復(fù)澄清后再使用。溶液Ⅱ、溶液Ⅲ和漂洗液使用后應(yīng)立即擰緊蓋子。
2、洗脫緩沖液體積不應(yīng)少于50ul,體積過小影響回收效率;洗脫液的pH值對(duì)洗脫效率也有影晌,若需要用水做洗脫液應(yīng)保證其pH值在8.0左右(可用NaOH將水的pH值調(diào)此范圍),pH值低于7. 0會(huì)降低洗脫效率,DNA產(chǎn)物應(yīng)保存在-20℃,以防DNA降解。
3、如果所提質(zhì)粒為低拷貝質(zhì)?;虼笥?0kb的大質(zhì)粒,應(yīng)加大菌體使用量,使用5-10ml過夜培養(yǎng)物,同時(shí)按照比例增加溶液Ⅰ、溶液Ⅱ和溶液Ⅲ的用量,吸附和洗脫時(shí)可以適當(dāng)?shù)难娱L(zhǎng)時(shí)間,以增加提取效率。
4、DNA濃度及純度檢測(cè):得到的質(zhì)粒DNA純度與樣品保存時(shí)間、操作過程中的剪切力等因素有關(guān)。得到的DNA可用瓊脂糖疑膠電泳和紫外分光光度計(jì)檢測(cè)濃度與純度。 DNA應(yīng)在OD260處有顯著吸收峰,OD260值為1相當(dāng)于大約50ug/ml雙鏈DNA、 40ug/ml單鏈DNA。OD260/OD280比值應(yīng)為1.7-1.9,如果洗脫時(shí)不使用洗脫緩沖液,而使用去離子水,比值會(huì)偏低,因?yàn)閜H值和離子存在會(huì)影響吸光值,但并不表示純度低。
北京索萊寶科技有限公司為生化試劑供應(yīng)商,專業(yè)生產(chǎn)銷售生化試劑、生物試劑、細(xì)胞培養(yǎng)、試劑盒、實(shí)驗(yàn)耗材等產(chǎn)品。質(zhì)粒小量提取試劑盒是索萊寶自產(chǎn)產(chǎn)品,本試劑盒采用堿裂解法裂解細(xì)胞,根據(jù)離心吸附柱在高鹽狀態(tài)下特異性地結(jié)合溶液中的DNA的原理特異性提取質(zhì)粒DNA。 離心吸附柱中采用的硅基質(zhì)材料能、專一地吸附DNA,可大限度去除雜質(zhì)蛋白及細(xì)胞中其他有機(jī)化合物。 使用本試劑盒提取的質(zhì)粒DNA可適用于各種常規(guī)操作,包括酶切、PCR、測(cè)序、連接和轉(zhuǎn)化等試驗(yàn)。